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细胞分析软件（Cell Analysis Suite,CAS®）
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负责控制仪器操作，从样本导入到目标活细胞导出。CAS软件能够直观提示用户进行仪器设置，实验建立和执行，在整个实验过程中的不同时间点记录每个NanoPen小室中的细胞图像，直观友好的界面让用户只需根据提示进行简单点击就可以轻松设置和完成实验。
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图像分析软件
（Image Analyzer,IA）
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负责将CAS获取的图像转换为实验数据，用户利用IA可以进行细胞计数，图像整合，实验结果打分及多重检测分析等。
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实验分析软件
（Assay Analyzer,AA®）
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负责对图像数据进行更广泛和深入的数据分析，AA帮助用户获得对于细胞的深入见解，并基于此对感兴趣的单细胞或细胞克隆进行排序和挑选，生成数据图表，并就实验做出下一步决策。